《秘密研究所-专属宅男3秒跳转》讲述了铃兰高中铃兰高校是一所充满激情与热血的男子高中，以其狂野的帮派斗争而闻名。铃兰高中分为三大势力：黑社会、白道派和底层派。铃兰的王牌芹泽多摩雄（山田孝之 饰）击败了源治后，成为了学校的帝王。
身为黑社会组长的芹泽多摩雄，不仅武功高强，而且性格豪爽正义，深受学生们的爱戴。他在一役中被白道派打败，并从此销声匿迹。铃兰高中也因此陷入了一片混乱。黑社会组失去芹泽这个可以当靠山的老大，变得软弱无能，白道派趁机兴起，称霸整个学校。
在铃兰高中这片混乱的局势中，一个新的英雄出现了，他就是转校生泷谷源治（小栗旬 饰）。泷谷源治是一个桀骜不驯的少年，他虽然身手不凡，但却为人低调，不喜欢争斗。然而，在一次偶然的机会下，他卷入了一场帮派斗争，并击败了白道派的老大。从此，泷谷源治成为了铃兰高中的新王牌，并带领铃兰高中走上了新的辉煌。
